TEMPORADA 1 E 2
Junjou foca em três casais diferentes, ligados entre si de alguma forma. São chamados Junjou Romantica (principal), Junjou Egoist e Junjou Terrorist.
Junjou Romantica
O estudante Misaki Takahashi precisa de um professor particular para ajudá-lo a melhorar seu desempenho e entrar na Universidade Mitsuhashi, à qual tanto aspira. Para isso, seu irmão Takahiro convence seu melhor amigo, o escritor Akihiko Usami, a tornar-se tutor de Misaki.
Misaki estranha o comportamento e a personalidade de Usami, apelidado de Usagi-san por Takahiro (usagi significa coelho em japonês). O escritor é como uma criança grande; seu quarto é coberto de brinquedos e ursos de pelúcia. Porém, o que mais espanta o garoto é descobrir que Usagi-san, por trás de um pseodônimo, escreve BL novels (romances gays) usando neles o nome de seu irmão Takahiro.
A partir daí, começa a confusão. Takahiro se casa, e Misaki acaba indo morar com Usagi. Surpreso com a rapidez com que o relacionamento se transforma em romance, Misaki tem que agora saber como lidar com suas novas emoções.
Junjou Egoist
Hiroki Kamijou é um homem frustrado de péssimo temperamento. O estudante universitário de Literatura foi, durante toda sua vida, apaixonado pelo amigo de infância, Akihiko Usami, mesmo sabendo que este amava Takahiro Takahashi (Egoist se inicia seis anos antes de Romantica).
Arrasado com seu fracasso, Hiroki chorava em um parque quando foi surpreendido por Nowaki Kusama, um jovem estudante que brincava com um foguete. Logo Nowaki, cujo nome significa tufão, pede para que Hiroki seja seu tutor, pois ele deseja estudar para tornar-se um pediatra. Meio a contragosto, Hiroki aceita a proposta e surpreende-se com a dedicação do garoto, que, apesar de ser mais novo, tem quase 1,90m de altura!.
Não demora muito tempo até Nowaki declarar que, desde o momento em que viu Hiroki chorando, apaixonou-se por ele. Obviamente, Hiroki fica muito confuso com a declaração e vê sua vida mudar repentinamente, como se tivesse sido atingida por um tufão.
Porém tudo muda quando, de repente, Nowaki decide abandonar tudo para estudar medicina nos Estados Unidos, inclusive Hiroki. Um ano se passou e Nowaki não deu notícias, além de um cartão postal dizendo que estava voltando. Hiroki vai até o aeroporto tirar satisfações, mas a única coisa que faz é dar um chute na cabeça de Nowaki. Quando volta pra casa depois do ocorrido ele encontra Nowaki sentado na frente da porta o esperando. O que será que vai acontecer depois de tanto tempo sem se falar?
